La Société générale a déposé plainte le 24 janvier 2008 après-midi à l'encontre de son courtier Jérôme Kerviel pour « faux en écriture de banque, usage de faux et atteinte au système de traitement automatisé des données » auprès du Tribunal de Nanterre, le site de La Défense, où travaillait son trader, dépendant de cette juridiction[25]. Le Parquet de Paris, a été également saisi par un actionnaire individuel d'une plainte contre la Société générale pour « escroquerie, abus de confiance, faux et usage de faux, complicité et recel » et a ouvert une information préliminaire le même jour et l'a confiée à la brigade financière[25]. Par ailleurs, une association de petits porteurs, l'Appac, Association des petits porteurs d'actifs, a indiqué avoir également déposé une plainte auprès du parquet parisien pour « diffusion de fausses informations ou trompeuses ayant agi sur le cours de Bourse des titres»[25]. À la demande du Parquet de Paris, le Tribunal de Nanterre s'est dessaisi de la plainte afin qu'il n'y ait qu'une seule instruction[26].
Une perquisition au domicile de Jérôme Kerviel à Neuilly-sur-Seine a eu lieu le 25 janvier 2008. Le 30 janvier 2008, Le Figaro estime utile de porter à la connaissance du public la présence d'une édition bilingue arabe-français du Coran[27].
Convoqué, Jérôme Kerviel s'est spontanément présenté et a été placé en garde à vue le 26 janvier 2008 à fins d'interrogatoire dans les locaux de la brigade financière et remis en liberté sous contrôle judiciaire le 28 janvier 2008[28]. À l'issue d'une garde à vue de 48 heures, il a été présenté devant le pôle financier du tribunal de Paris avec une demande de mise en examen par le Parquet de Paris de « tentative d'escroquerie » (art. 313-1)[29], « faux et usage de faux », « abus de confiance aggravée », et d'« atteinte à un système de données informatiques ». Sa détention provisoire a été demandée afin de « protéger le suspect des risques de pression » jusqu'au procès[30]. Les juges d'instruction chargés de l'affaire, M. Renaud Van Ruymbeke et Mme Françoise Desset, n'ont pas suivi le parquet et ouvert l'instruction, en ce qui concerne Jérôme Kerviel, pour un simple « abus de confiance » (art. 314-1)[31], pour « faux et usage de faux » en écriture privées (art. 441-1)[32] et pour « introduction dans un système informatisé de traitement automatisé de données informatiques » (art. 323-1)[33][34].
Le même jour, Jean-Claude Marin, procureur de la République, qui exige la mise en détention immédiate de Jérôme Kerviel jusqu'à la date du procès, a décidé de faire appel de celle de remise en liberté à l'issue de la garde à vue[35]. Le 29 janvier 2008, dans un entretien accordé à France Info, Rachida Dati, ministre de la justice, explique cette détermination à l'emprisonner sans attendre le jugement en déclarant que « il est nécessaire aussi pour des raisons d'ordre public de pouvoir maintenir sous la main de la justice Jérôme Kerviel » et « C'est une infraction d'une telle ampleur » (5 milliards d'euros) qui a « choqué » les Français. Par ailleurs, elle indique que la responsabilité de M. Daniel Bouton peut être engagée, sans évoquer d'information pénale contre lui[36].
Selon les dépositions faites au cours de l'enquête préliminaire et rapportées par M. Jean-Claude Marin, Jérôme Kerviel n'a soustrait aucune somme d'argent, mais a engagé des fonds de la banque au-delà du seuil auquel il était autorisé, en abusant certaines procédures de contrôle avec de fausses informations, mais sans sortir du cadre de ses fonctions. D'autre part, les profits ou les pertes générés par ces dépassements, qui ont commencé à intervenir dès 2005-2006, étaient faits pour le compte de la banque qui les encaissait, et qu'elle en a plusieurs fois tenu compte pour le calcul de ses rémunérations. C'est pour augmenter sa part de rémunération professionnelle, que M. Kerviel a pris plus de risques.[30]. Le Monde publie le 30 janvier 2008 une partie du procès-verbal de l'audition faite par le parquet de Paris durant l'information préliminaire[37].
Pour Me Élisabeth Meyer, avocate du jeune trader, il n'est plus question des fraudes et de l'escroquerie reprochées par M. Bouton. La question qui reste à déterminer, est celle de savoir dans quelle mesure le caractère pénal des fautes reprochées à M. Kerviel s'applique à des procédures et à des documents internes à une entreprise dans le cadre des relations entre employés, et dans quelle mesure ces pratiques étaient courantes et ont été tolérées, ratifiées voire encouragées plusieurs fois par ses supérieurs hiérarchiques. Auquel cas il ne s'agirait pas de fautes pénales, mais de fautes professionnelles sanctionnables, en fonction de l'appréciation de leur gravité, par un licenciement[38].
Dès la mise en examen de son employé connue, la Société générale s'est portée partie civile le 30 janvier 2008. Convoqué pour demander des explications sur les motifs de cette requête, le juge d'instruction Renaud Van Ruymbeke a entendu le secrétaire général de la banque, « M. Schricke (qui) a fourni au juge des explications sur l'organigramme de la Société générale en précisant notamment quel était le positionnement de M. Kerviel à la banque »[39].
Une seconde perquisition a été menée le 30 janvier 2008 au domicile de son frère à Paris où il habitait et où son ordinateur personnel a été saisi[40].
Le 8 février 2008, il est placé en détention provisoire à la prison de la Santé à Paris, les juges suivant les réquisitions du parquet général qui avait argué des « nécessités de l'instruction puisque les actes d'investigation se poursuivent ». Emprisonné en « cellule VIP » (sans codétenus), ses demandes de mise en liberté échouent jusqu'au 18 mars 2008. C'est après 37 jours de détention que la cour d'appel de Paris ordonne la remise en liberté de Jérôme Kerviel. Ce dernier reste soumis à un « contrôle judiciaire extrêmement strict » d'après le parquet de Paris, opposé à la remise en liberté, mais qui n'a pas fait appel de cette décision.
